O Centro de Ciências Matemáticas e da Natureza – CCMN foi criado a partir do Decreto 60.455-A de 13 de março de 1967 que aprovou o Plano de Reestruturação da Universidade Federal do Rio de Janeiro. Inicialmente chamado por Instituto de Ciências Exatas foi composto pelas seguintes unidades: Instituto de Matemática, Instituto de Estatística, Instituto de Física, Instituto de Química, Instituto de Geociências e Instituto de Biologia, que mais tarde foi transferido para o Centro de Ciências da Saúde – CCS.
A construção do prédio e a consolidação do Centro ocorreram na década de 1970, sendo a primeira sessão do Conselho de Coordenação do CCMN no dia 3 de abril de 1970, com a presença dos professores: Paulo Emídio Barbosa, Annita Mischan de Magalhães Macedo, Jorge de Abreu Coutinho, Eliana Rocha Henriques de Brito e Luiz Fernando Oliveira.
Atualmente o Centro de Ciências Matemáticas e da Natureza – CCMN constitui-se das seguintes Unidades: Instituto de Computação, Instituto de Física, Instituto de Geociências, Instituto de Matemática, Instituto de Química, Observatório do Valongo e do Instituto Tércio Pacitti de Aplicações e Pesquisas Computacionais (NCE).
JOSEFINO CABRAL MELO LIMA ( De julho de 2023 – Atual Decano)
CÁSSIA CURAN TURCI (De julho/2018 a julho /2023)
JOÃO GRACIANO MENDONÇA FILHO (De julho/2010 a junho /2018)
ÂNGELA ROCHA DOS SANTOS (De julho/2002 a junho/2010)
MARCO ANTÔNIO FRANÇA FARIA (De abril/1994 a julho/2002)
RUI FERNANDO RODRIGUES PEREIRA (De abril/1990 a abril/1994)
EDSON PEREIRA DE SOUZA (De novembro/1985 a abril/1990)
HORÁCIO CINTRA DE MAGALHÃES MACEDO (De março/1982 a setembro/1985)
PAULO EMIDIO DE FREITAS BARBOSA (De março/1970 a março/1982)